De tendencia franciscana, lo más sobresaliente en el interior son los murales de reminiscencias religiosas e imágenes bíblicas que dan al templo un aspecto peculiar, único en Mérida. La decoración llega hasta las bóvedas, que están pintadas con flores, y parte de la franja o cenefa de volutas y motivos vegetales. La cúpula es semiesférica, de tambor circular. El retablo principal fue inaugurado a mediados del siglo XX.